ComparaCNES é uma ferramenta de análise comparativa de dados das unidades do Complexo Hospitalar extraídos da base do Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES) e das bases de dados institucionais locais da UFRJ, permitindo o gestor ter uma visão global de eventuais inconsistências cadastrais entre o órgão de cadastro nacional e o órgão estabelecimento de cadastro local de atuação dos respectivos profissionais.